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20
世紀
30
年代和
40
年代，達爾文的進化論和遺傳學孟德爾理論相互結合，創
造了現在所謂的現代綜合論，我稱它為新達爾文主義。
新達爾文主義開始註重變
異基因如何通過人群來傳播
,
而不是集中於動物如何隨著時間可能有不同形式的
演變
,
這些被稱為
“
群體遺傳學家
”
的人開發數學模型，要從現有群體的遺傳變異
,
來推斷在過去這些人口可能發生了什麼事。
因為所有這些模型都來自他們的達爾文主義的根源，所以他們認為自然選擇作用在
隨機過程
(stochastic process
即隨機發生的過程，並沒有考慮生物本身的的需
要
),
就足以說明一切進化改變。
產生遺傳變異的隨機過程包括突變
(
改變
DNA
序
列
)
和基因重組
(
重排染色體之間遺傳信息的交換
),
基因漂流
(
由於生育故障遺傳
信息的隨機丟失
)
有降低自然選擇驅動遺傳變化力量的趨勢，特別是在一百萬以下
的人口。
請注意
,
在新達爾文主義中不可能容許有方向或指導的進化。
隨機的基因變
異在一次偶然的機會中發生
,
沒有顧念到群體的任何需要。
自然選擇會加以篩
選，基因漂流拋出更多的隨機性
,
選擇哪個變種基因可以實際生存和在人群中傳
播。
群體遺傳學需要簡化某些數學方程式才能運作。
大多數模型使用目前的遺傳
多樣性，以模擬追溯過去的事件
,
它們假定不變的背景突變率，沒有強大的被選擇
偏向的遺傳變化。
它們假定一個恆定的群眾數目
,
無群體的遷移，和它們假定共
同祖先是
DNA
序列相似性的根本原因。
所有這些假設都受到質疑，且看下文的分
析。
群體遺傳學挑戰第一對人類的祖先
在
20
世紀
90
年代的名為弗朗西斯科
·
阿亞拉
(Francisco Ayala)
的群體生物學
家採用從
HLA
序列得來的遺傳信息
,
開始著手挑戰兩個人的第一對人類祖先的思
想。
(
註
1)
阿亞拉選擇了
HLA-DRB1
的一個原因，是那個時候有已經有數百已知的
HLA-DRB1
不同的版本。
因此他有理由懷疑在假想當黑猩猩和人類的譜系分歧進化
時，在
HLA-DRB1
序列可能有已經相當大的差異。