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图
5
.
4
：以内含子和外显子为基础的不协调的进化树。
Illustration: Ann Gauger.
虽然基于基因的进化树有时比较不显示物种之间的亲缘关系
,
正如外显子
2
序列的情况。
但是这种情况应该是令人惊讶的
,
它表示发生了不同寻常的事
情。
更不寻常的是
,
用来自同一个基因的相邻节段所绘制的种系树彼此矛盾。
它不是因为外显子
2
是高度可变的
,
以及内含子是更保守的。
内含子谱系相互
之间可以有很多不同的地方。不寻常的是
,
内含子谱系组都是根据品种排列，而
外显子
2
系别却不是。
一些进化生物学家尝试解释
HLA-DRB1
种系树的不协调。
他们争辩说
,
这
证明这些基因始源在黑猩猩、人类和猕猴的谱系分离以前的深远进化历史，它
是外显子
2
的数据所定义的基因种系历史。
(
注
9)
还有人认为历史中出现了在跨
物种不同的外显子
2
序列之间
,
古迹肽结合基因序列发生改组，但在内含子谱系
却不变。
(
注
10)
，但是目前尚不清楚，外显子
2
的这种跨物种分类的序列拼凑
,
如何可能不破坏旁边在物种持续的内含子。
此外，这将要求初始物种种群
,
在
漫长的时间周期中混杂在一起。
混杂时间周期不太可能持续三千万年之久，因