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为这是最后一次猕猴、黑猩猩和人类理应拥有共同的祖先的时期。
而且外显子
分支长度可以媲美有种内关联内含子序列种系树的分支长度
,
或是比它更长的
事实，表示其中许多内含子谱系已经独立发展了相当长的一段时间，有些很可
能已超过三四千万年。
因此这个
HLA-DRB1
种系树的不协调
,
不能由共同的祖先
来解释，特别是当我们考虑额外的一项数据
:
第
6
染色体的
HLA-DRB1
区域显示很
少重组的迹象。
特殊行为，特殊的设计？
HLA-DRB1
最亲密的邻居是
HLA-DQB
和
HLA-DQA ,
也是与外源肽结合并展现
给其他的免疫细胞，正如
HLA-DRB1
一样。
根据雷蒙德等人的研究，这个区域显
示了极端的连环不平衡
(linkage disequilibrium
，即在不同位置的基因一同遗
传
)
，这意味着这些基因之间几乎没有相互重组过。
(
注
11)
缺乏重组是非常不寻常的，因为它扩展了超过
80,000
个碱基的
DNA
。
(
注
12)
绵延不发生基因重组的基因序列被称为单倍型
(haplotype)
。
在通常情况
下若考虑到这些单倍型的假想年龄，重组应该大约在每
150
个核苷酸之间发生。
重组确实在该地区的其他地方发生，只是没有发生在
HLA-DRB1
附近。
尽管每个
HLA
基因有数百个等位基因，仅是某些
HLA-DQ
和
HLA-DR
的等位基
因组合有一起遗传的趋势
——
它们是
一块儿被遗传
。
这可能是因为这些特定等
位基因的组合具有尤其好的合作效率，而其他不太有利的组合
,
通过自然选择
在人口中被删除。
另一解释是重组可被一些其他机制来抑制。
共同遗传的等位基因组合构成
HLA-DRB1
的基本单倍型。
大多数研究人员
都同意，在现代人口中只有
五个
这些基本的单倍型。
其中
HLA-DRB1
基因的某一
特殊单倍型
,
会具有与其他特定等位基因的组合。
根据在内含子遗传背景的变
化量，三个单倍型似乎是古老的，有三千万年以上的年纪。
这是我们与黑猩猩
和猕猴共有的单倍型。
基于其积累背景突变，其余两个单倍型更年轻，可追溯
到约四百万至六百万年以前。
(
注
13)
我们若在不同的历史时间中假设人与黑猩
猩和猕猴分歧进化
,
古人类分化时有可能最少至三
个
祖先单倍型
,
或最多达到
五个
。
结论
下面是用简单的语言整理的结论。
群体遗传学的论点是有太多的遗传多
样性，不可能只借两个人一个瓶颈，即是亚当和夏娃一对夫妇的后代繁殖而
来。
但是事实证明是这理论是不正确的。
事实上，若引用所有的数据，目前只有五个基本的
HLA
单倍型的版本。
三
个似乎是古老的，要早于黑猩猩和人类之间的假想进化分裂时期，两个是比较
近期的
(
若在灵长类动物和人类的假定最近共有始祖进化分裂时期的前后，这在
于你在谱系树上哪里画线
)
。
其中至少有这一个单倍型在黑猩猩中丢失。
由于