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圖
5
.
3:
使用種系樹來估計譜系。
Illustration: Ann Gauger.
通常
群體
遺傳學家使每條
種系樹
水平線的長度
,
與遺傳改變的量成正比例。
長度越長，核苷酸差異越多。
假設核苷酸差異是由於突變隨著時間發生
,
並假設
突變發生的速率是恆定的
(
這並不是肯定的事
),
人們可以向後倒數到在進化史的估
計時間
(
在這種情況下，
50
和
250
年前
),
並通過畫一條與樹垂直的線
,
線穿過
種系
樹的交叉
,
確定在每一個特定的時間中出現多少獨立的譜系。
如果所有的估計是
正確的，這棵樹
50
年前有五個譜系
, 250
年前有兩個譜系。
根據這一程序
,
阿亞拉計算
,
在我們最後與黑猩猩共同祖先的估計時間
,
是
四百萬至六百萬年前（並非肯定的事
,
這些估計數字不斷變化）
,
群體中
HLA-DRB1
基因共有
32
個分別的版本
。
為了讓所有這些基因變異可以遺傳到現代，他還估
計祖先人數的最低不少於
4,000
，長期平均有效群體的大小為
100,000
。
(
註
5)
像
阿亞拉的穩定狀態的人口模型
,
這個大數位是必要的。
在這種條件下，假設隨機
交配和基因漂流，隨著時間的推移
,
基因是容易丟失的，這樣一個大的始創族群是
必要的，可以保證所有的基因繼續傳播。
因為這個最小估計是
4,000
，阿亞拉聲
稱，人類群體在任何時間內
,
都不可能只通過兩個人的基因瓶頸遺傳而來。
在他
看來，在
HLA-DRB1
的變異實在有太多祖先的多樣性。
對挑戰的挑戰
讓我們回來檢查阿亞拉的分析是怎麼做的。
他反對亞當和夏娃的兩人袓先
譜
系
,
是基於群體遺傳學模擬隨著時間而來的人群基因變化頻率，以及祖先基因譜系
如何易於凝聚在一起。
他用來重建這些
譜系
樹並計算祖先族群大小的方程式有賴
於簡化和假設，使數學可以運作，正如我前面所言。
這些明確的假設包括在時間
過程中有一個
恆定背景突變率
,
正在研究的
DNA
序列中
缺乏遺傳基因的揀選
，群體